股权投资持有收益由于来源于公司法人及自然人间相互持股的税后利润分配，所以在各国的企业所得税征税设计上，核心都在于避免对同一来源的公司间股息重复征税。
我国的税法也不例外，在新的企业所得税法颁布前，我国对外资企业公司间股息采取的是免税的办法;内资企业采取的是简单的抵免法（比如投资方税率为33%，从被投资方企业分回股息85万元，被投资方税率15%，则投资方就要先将85/(1- 15%)还原为税前所得100万元,再用还原的税前所得100万元就投资方33%与被投资方之间的税率差18%来补税)。但随着国家税务总局关于印发《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》的通知（国税发〔2008〕101号）及新《企业所得税法》的发布，仅就投资收益这一块的征税政策与原政策相比，不仅解决了原政策执行 中有争议的难点，而且对股权投资收益的纳税申报也设计了新方法。
长期股权投资业务采取权益法核算时,其会计处理与税法规定差异很大。企业在申报纳税时，对投资所得、投资转上所得和投资转让成本的确定不能从会计有关账户 中直接引用数据，必须按照税收政策进行分析调整。其差异主要表现在:投资收益的 确认的时间和金额不同，投资转让成本的确定不同，税收上不确认长期股权投资减值 准备和股权投资差额等等。
企业为取得另一企业的股权支付的全部代价,属股权投资支出，不得计入投资企业的当期费用，也不得通过折旧或摊销方式分期计人投资企业的费用，应作为股权投 资的计税成本，待将来转移股权或收回投资时，用以计算股权转让所得或投资收益。 即税法规定不确认任何由于长期股权投资的公允价值与按持股比例计算的占被投资 单位所有者权益份额不同而产生的股权投资差额。如企业在会计上采用权益法核算 的长期股权投资,其产生的股权投资差额的借方余额。
根据新税法第二十六条第二款规定：符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。该规定意味着新税法取消了外资企业对股息收入不分情 况一律免税的超国民待遇。不论内外资企业只要是居民企业身份，同时符合相关条件，才能够就权益性投资收益免税。
