设立协议和公司章程具有一致性和许多相同之处。公司名称、注册资本、经营范围股东构成、出资形式和数额等事项是公司章程和设立协议必须注明的事项。公司章程一般以设立协议为基础，吸收设立协议的基本内容，包括：公司的组织机构、股份转让、增资、减资、合并分立、公司终止的情形等。现在来和办小二一起来看看有限责任公司出资协议与公司章程的区别。
1、设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议是调整公司设立过程中的法律关系和法律行为，设立协议产生在公司成立前，公司的设立阶段，经发起人达成一致签字盖章即具有法律效力。公司章程是以公司成立为前提的，在公司成立后才能生效，对股东具有约束力。
2、设立协议不是公司设立的必要法律文件。而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都必须提交公司章程。只有股份有限公司规定了发起人必须签订发起人协议。《公司法》第八十条“股份有限公司发起人承担公司筹办事务。发起人应当签订发起人协议，明确各自在公司设立过程中的权利和义务。”
3、设立协议是不要式法律文件，根据当事人之间的意思表示形成，其内容更多的体现了当事人的意志和要求，属于契约，需要遵守合同法的一般规则;公司章程是要式法律文件，公司章程必须依据公司法制定，不能违反法律、和行政法规为前提。
4、设立协议和公司章程约束的对象不同，设立协议是全体发起人订立的，调整的是发起人之间的关系，在发起人之间具有法律约束力。公司设立过程中产生的权利和义务，发起人按照发起协议的约定承担。而公司章程调整的是股东之间、公司与股东之间公司与公司的治理机构之间的法律关系，即包括对原始发起人股东有约束力，也对按照公司章程和公司法规定后加入公司的股东具有约束力。
公司章程是法律规定的必备的法律文件，产生在设立协议之后。因此在公司成立后，应当以公司章程作为准则。设立协议和公司章程发生矛盾时以公司章程规定为准，发起协议只对原始的发起人具有约束力。
公司设立协议又称发起人协议，是在公司设立过程中，由发起人订立的关于公司设立事项的协议。设立协议的作用在于确定所设公司的基本性质和结构，协调发起人之间的关系及其权利和义务。公司章程是公司赖以存在和活动的基本依据，因此发起人协议中往往要将章程中的除法律规定以外的原则进行约定。
两者的性质不同。设立协议是任意性文件，通常公司发起人都会订立此种协议。但除了股份有限公司、中外合资公司和中外合作公司外，法律并不强求当事人一定要订立设立协议：而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。同时，设立协议是不要式法律文件，作为当事人之间的合同，主要根据当事人的意思表示形成，其内容更多地体现了当事人的意志和要求;而公司章程则是要式法律文件，除反映当事人的主观要求之外，更反映和体现法律对公司内外关系的强制性要求，因此，公司章程必须按公司法的规定制订，必须包含法定的记载事项，否则将导致章程的无效。
两者的效力也不同。从效力的范围来看，由合同或协议的相对性决定，设立协议既由全体发起人订立，调整的是发起人之间的关系，因而只在发起人之间具有法律约束力;而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机掏与公司之间的法律关系，其中包括制定章程时的原始股东和章程制定后加入公司的新股东，都受章程的约束。从效力的期间来看，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系和法律行为，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着协议的终止;而公司章程的效力则及于公司成立后整个的存续过程，直至公司完全终止。
当然，两者的差异并不否定二者之间存在内在的密切联系。公司章程应规定的主要事项通常也是设立协议需约定的事项，如公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式、组织机构、增资、减资、合并、分立、终止等事项，不仅是公司章程的法定记载事项，而且也常为设立协议所约定。发起人订立协议的目的除了约定设立过程中双方的权利义务、协调各发起人的设立行为外，也是为了对未来公司的性质、框架及内外法律关系作出总体的设计。因而公司章程通常是在设立协议的基础上根据法律的规定制成，在没有争议和符合公司法的前提下，设立协议的基本内容通常都为公司章程所吸收，甚至设立协议的条文为公司章程原封不动地搬用，一般不会发生二者间的矛盾和冲突。
