长期股权投资业务采取权益法核算时，其会计处理与税法规定差异很大。企业在 申报纳税时，对投资所得、投资转上所得和投资转让成本的确定不能从会计有关账户 中直接引用数据，必须按照税收政策进行分析调整。其差异主要表现在:投资收益的 确认的时间和金额不同，投资转让成本的确定不同，税收上不确认长期股权投资减值 准备和股权投资差额等等。
企业为取得另一企业的股权支付的全部代价，属股权投资支出，不得计人投资企 业的当期费用，也不得通过折旧或摊销方式分期计人投资企业的费用，应作为股权投 资的计税成本，待将来转移股权或收回投资时，用以计算股权转让所得或投资收益。 即税法规定不确认任何由于长期股权投资的公允价值与按持股比例计算的占被投资 单位所有者权益份额不同而产生的股权投资差额。如企业在会计上采用权益法核算 的长期股权投资，其产生的股权投资差额的借方余额。
根据新税法第二十六条第二款规定：符合条件的居民企业之间的股息、红利等权 益性投资收益为免税收入。该规定意味着新税法取消了外资企业对股息收入不分情 况一律免税的超国民待遇。不论内外资企业只要是居民企业身份，同时符合相关条 件,才能够就权益性投资收益免税。
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》〔国税函 【2010〕79号)关于股息、红利等权益性投资收益收人确认问题做了具体的解释:企业 权益性投资取得股息、红利等收入，应以被投资企业股东会或股东大会作出利润分配 或转股决定的日期，确定收人的实现。被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公 积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收人，投资方企业也不得增加该项长期 投资的计税基础。被投资企业以盈余公积和未分配利润转增股本的应作为投资企业 的红利所得，并增加其投资成本。
新税法通过对免税收人的界定，间接明确了对于居民企业间不符合条件的股权投 资持有收益需要补缴税款的规定。但是在税款如何补缴方面，根据1994年至2006年 间发布的有关投资收益的相关税收法规，实际操作中需要关注三个方面的问题:一是 收到的投资收益是否要进行还原计算;二是在企业需要弥补亏损的情况下，投资收益 中免税投资收益和应补税投资收益的弥补顺序如何确定；@是当投资企业投资于两个 以上的适用不同所得税率的企业,并且投资方企业存在允许税前弥补的亏损，那么在 低税率分回利润和高税率分回利润中，弥补的顺序如何选择。现在这些问题都已 解决。‘按照国税发〔20081101号文件规定，“申报表主表第9行“投资收益”：填报纳税 人以各种方式对外投资所取得的收益。本行应根据“投资收益”科目的发生额分析填 列,如为损失，用“-”号填列。企业持有的交易性金融资产处置和出让时，处置收益部分应当自“公允价值变动损益”项目转出，列入本行,包括境外投资应纳税所得额。” 投资收益中股息性质所得，为被投资单位向纳税人的实际分配额，包括现金股利、股票 股息和其他形式的分配额。该行不做还原计算。由此可知，投资收益不再需要还原。
